引擎输出 · AI 风险包

AI Risk Pack — Brigatinib-class × DCAF1 EGFR-C797S PROTAC

目的（创始人定调）：AI 不是用来「证明它会成功」，而是把风险提前量化、排序，把候选从一堆压到

2–3 个该先合成的，并明确什么湿实验结果直接 kill。AI 不能替代 wet assay——尤其不能最终证明

DC50 / Dmax / WT-sparing / DCAF1 依赖性。

三档分级（贯穿全文）：🟢 AI 很适合评估 · 🟡 AI 只能辅助、不能定论 · 🔴 AI 基本不能替代湿实验。

0. 一页总览

#	风险	AI 档	本轮 AI 验证结论	决定性证据
1	三元复合体几何	🟢	C15 零碰撞、几何可行；协同/泛素化未证	DCAF1 KD rescue · ubiquitination
2	Linker developability	🟢	烷基 C12–15 cLogP 13–14 太差 → 改 PEG4/刚化降到 ~9	—
3	Mutant-vs-WT 选择性	🟡	warhead 咬 C797S（−13），WT-sparing 靠 warhead（HJM-561），E3 无组织窗	matched mutant/WT 降解 assay
4	DCAF1 组织表达	🟢/🟡	DCAF1 广泛表达（Tau 0.42），零组织窗——与 CRBN/VHL 同	动物毒理
5	EGFR 正常组织毒性	🟡	EGFR 高表达于皮肤/肠道 = on-target 毒源；降解或比抑制更狠	皮肤角质细胞降解 assay
6	CNS / P-gp	🟡/🔴	brigatinib 实测 41.8× P-gp/BCRP 外排 → 别主打脑转移	小鼠 Kp,uu
7	ADMET liability	🟡	cLogP 高、brigatinib 带 hERG/DILI、P-gp 底物；MW1200 超 admet_ai 适用域	体外 ADME panel
8	FTO / 专利	🟡(律师🔴)	两轴都有可辩护空间，但 brigatinib/HJM-561/OICR 配体各有 IP → 必须 claim-chart	专利律师
9	三元机制依赖	🔴	AI 只能推结构，不能证机制	DCAF1 KD/proteasome rescue
10	DC50/Dmax/通路	🔴	生死线，纯湿实验	配型细胞 assay

1. 三元复合体几何 🟢（已做）

_vm_brig_dcaf1_ternary.py，anchor-bridge（EGFR 用 brigatinib pose 锚于 6LUD、DCAF1 用 OICR-8268

共晶 pose 锚于 8F8E）：

linker	最小碰撞	可及构象
C6	30	1
C9	46	0
C12	22	1
C15	0	4

结论：几何可行（够得着、无明显碰撞），需 ~C12–15 span（比 CRBN 的 ~C10 长）。

AI 不能证：三元是否稳定 / 有正协同 / 能有效泛素化 EGFR。下一步 AI 可加：Rosetta 局部精修 +

界面打分 + 短 MD 看复合体稳定性（可跑）。最终靠：DCAF1 KD rescue + ubiquitination（🔴）。

2. Linker developability 🟢（已做，且改写合成清单）

_vm_protac_linker_ladder + 本轮 physchem：

linker	MW	cLogP	RotB	TPSA
烷基 C12	1176	13.0	27	173
烷基 C15	1218	14.2	30	173
PEG4	1212	9.2	29	210
哌嗪刚化	1176	9.5	22	179
PEG3-amide	1209	9.0	27	220

结论：长烷基 cLogP 13–14 是严重 developability 问题（远超 bRo5）。**linker engineering 把 cLogP

砍 ~4 个单位到 ~9；哌嗪刚化还把转动键从 27→22。诚实边界**：即便优化，分子仍 MW~1200/cLogP~9

（双功能 + warhead/E3 配体本身亲脂），属 PROTAC 类常态（ARV-471 也 bRo5，靠 ASD 制剂口服）——可

管理、非 kill。直接影响 #9：别合成裸烷基 C15。

3. Mutant-vs-WT 选择性假设 🟡（部分做）

warhead 咬 C797S（MM-GBSA −13，6LUD 真三突变模板）；但 C797S 在 ATP 口袋、不在 EGFR↔E3 界面，

计算结构分不出 WT-sparing（本程序三方法一致：warhead ΔΔG +0.3 / 刚性界面 −0.83 / 精修噪声）。

WT-sparing 假设来源：brigatinib 类内禀突变偏好 + HJM-561 先例（brigatinib-CRBN 降 C797S 三突变、

放过 WT）。最终靠：matched C797S-三突变 vs WT-EGFR 细胞降解窗（🔴）。

4. DCAF1 组织表达风险图 🟢（已验证）

Human Protein Atlas（DCAF1/VPRBP，ENSG00000145041）：**"Low tissue specificity"，Tau 0.42，广泛胞质

表达**；皮肤/肠道/肺均「detected in all」、无 skin/gut-vs-lung 差异（结肠/黑色素瘤反而略高）。

**结论：DCAF1 给零组织选择性安全窗——和 CRBN/VHL 一样（都广泛表达）；换 DCAF1 不买安全窗、但也不

比主流 E3 更差。安全窗 100% 靠 warhead。 ⚠️ 对外不要**讲「DCAF1 肿瘤限定带来 WT-sparing」——这是

错的、过不了 review。（真·肿瘤限定 E3 = MAGEA11，配体太不成熟，远期 moonshot。）

5. EGFR 正常组织毒性图 🟡

EGFR 高表达于皮肤角质细胞 + 胃肠上皮——这正是 EGFR 抑制剂经典皮疹/腹泻毒源。**degrader 或比

inhibitor 更狠**（催化、事件驱动，低占据的 WT 接触也可能被放大成 WT 降解）。osimertinib 证明「纯

warhead 突变选择性」足以做出干净皮肤/肠道谱（grade≥3 皮疹/腹泻 <1%）——所以路线可行，但 **WT-sparing

必须在「降解」终点（不是抑制 IC50）验证**，且跨全剂量范围（防 hook 溢出）。

6. BBB / P-gp / CNS 🟡→🔴（已验证，结论明确）

brigatinib 实测是 P-gp + BCRP 双底物：敲除鼠脑暴露涨 41.8×（Abcb1a/1b;Abcg2⁻/⁻）——完整 BBB

下外排压制脑暴露 ~20–40×。它的临床颅内活性靠高全身暴露硬顶，不是内禀高 Kp,uu。双功能 ~MW1200

PROTAC 普遍是 P-gp 底物、Kp,uu≪1（脑穿透 PROTAC 如 XL01126 是刻意工程化的稀有例外）。

结论：对外不要主打脑转移覆盖，明确定位 extracranial，直到有实测 Kp,uu。（最终靠小鼠脑/血浆

Kp,uu，🔴。）

7. ADMET liability 图 🟡

• 亲脂/通透：cLogP 高（见 #2），bRo5 通透性/PK 风险——靠 linker 工程 + ASD 制剂。
• 继承自 brigatinib：hERG、DILI/ILD 旗标（brigatinib 是上市药、风险可临床管理，但要测）。
• P-gp 底物（见 #6）。
• 诚实：MW~1200 PROTAC 超出 admet_ai 训练适用域（它训 drug-like），所以本图基于 RDKit

physchem + warhead 继承性，不用 admet_ai 的单点数字。最终靠体外 ADME panel（微粒体稳定性/Caco-2/

hERG/CYP，🔴）。

8. 专利 claim 热图 🟡（律师🔴）

轴	绿/黄/红	依据
Warhead（brigatinib 类）	🟡	不在杀死吉非替尼路线的属专利 US 12,564,638 点名清单（绿信号），但 brigatinib 本体=武田 IP + HJM-561（brigatinib-CRBN）已公开（黄）
E3（DCAF1）	🟡	绕开 VHL/CRBN 两大 E3 属专利估计群（绿信号），但 OICR DCAF1 配体有自己 IP 群（黄）
组成/用途	🟡	新颖性须落在「brigatinib 类似物 + DCAF1 + 新 linker 几何 + C797S 用途」具体组合

必须：注册专利律师对 brigatinib 类/HJM-561/OICR-8268/DCAF1-PROTAC 组成/C797S 用途/linker 做正式

claim-chart + 法律状态。AI 只做筛查级意识（需 patent key 跑检索热图，可加）。

9. Top-3 合成候选（按 developability 修正）

不要合成裸烷基 C15（cLogP 14.2）。 推荐第一轮 3 个：

#	分子	cLogP	理由
1	brigatinib–PEG4–OICR8268	9.2	极性 linker、span≈C14（在几何窗内）、cLogP 砍 4
2	brigatinib–哌嗪刚化–OICR8268	9.5	刚化降转动键(22)、cLogP 9.5、PK/熵更好
3	brigatinib–烷基 C12–OICR8268	13.0	几何/潜能对照（文献 alkyl 常更有效，测潜能 vs developability 取舍）

（注：PEG4/哌嗪刚化的三元几何需用 _vm_brig_dcaf1_ternary 复算确认 span 仍无碰撞——可跑。）

10. 湿实验 GO/KILL（第一轮，严格预算）

只做上面 3 个化合物 + 5 个核心实验，结果不好就停、不续烧：

• mutant EGFR 降解 DC50/Dmax（C797S 三突变细胞，Del19/T790M/C797S + L858R/T790M/C797S）
• WT-EGFR 降解（normal-EGFR / 角质细胞）→ WT-sparing 窗口（目标 >50–100×）
• pEGFR/pERK/pAKT 通路关断 + 细胞活力
• DCAF1 knockdown/knockout rescue（救回=机制成立）+ proteasome inhibitor rescue + ubiquitination
• washout durability vs 4 代 TKI（证明降解的差异化价值）

GO：mutant DC50 <100 nM（理想 <30）· Dmax >70% · WT-sparing >50× · 通路关断 · DCAF1 KD 救回。

KILL：无降解 · WT 与 mutant 同降 · 仅细胞毒浓度才降 · DCAF1 KD 不救回（非 DCAF1 机制）。

可外包 CRO/云实验室（合成 + 配型细胞 + 降解 assay）= OPEX，非自建。

一句话

AI 把风险提前排序、把候选从一堆压到 3 个（PEG4 / 哌嗪刚化 / C12 对照）、并明确 kill 标准；但这个

项目真正的生死，是这 3 个化合物的湿实验：mutant DC50/Dmax、WT-sparing、DCAF1 rescue。AI 帮你

少烧钱、少合成垃圾、不被自己的漂亮几何骗——它能做的都做了，剩下的诚实地交给湿实验。

*工具/数据：MM-GBSA(OpenMM)、anchor-bridge(RDKit)、Rosetta(内部评估)、HPA(DCAF1 表达)、brigatinib

P-gp/BCRP(Pharmacol Res 2018)、HJM-561(PMID 35499406)、8F8E/6LUD、US 12,564,638。脚本

_vm_brig_warhead.py / _vm_brig_dcaf1_ternary.py / _vm_protac_linker_ladder.py。*