Proof Case · 旗舰降解剂

差异化降解剂设计报告：brigatinib 类 warhead + DCAF1 的 EGFR-C797S PROTAC

状态：计算设计阶段的差异化、IP 可辩护「程序假设」——非已验证资产。

本报告描述一个针对 EGFR-C797S（奥希替尼耐药后 NSCLC）的全新降解剂设计。它在引擎自我证伪了两个

更显而易见的方案（AUTAC、吉非替尼-CRBN me-too）之后产生，并已在引擎的物理管线上端到端验证了所有

「计算能回答」的关卡。真正的 go/kill 仍是湿实验，FTO 仍需专利律师正式 claim-chart。 全文标注

诚实边界。

1. 执行摘要

维度	结论
靶点	EGFR-C797S（常在 Ex19del/L858R + T790M 背景，三突变），奥希替尼后主要 on-target 耐药
模态	CRBN/VHL 之外的 DCAF1 招募 PROTAC（蛋白酶体降解）
Warhead	brigatinib 类（2,4-二氨基嘧啶 + 二甲基膦氧，非喹唑啉）
E3	DCAF1（VprBP，WD40 结构域；配体 OICR-8268）
Linker	烷基 ~C12–15（几何最优；真做需刚化/加极性降 developability 代价）
计算验证	warhead 咬 C797S（MM-GBSA −13.0）+ 可连接（尾 SASA 50.6 Ų）+ 三元几何无碰撞（C15）
核心差异化	两条轴都绕开堵死的 IP：warhead 不在 EGFR-降解剂属专利里 + E3 不在 VHL/CRBN 空间
WT-sparing	机制性（brigatinib 类内禀突变偏好），由 HJM-561 先例去风险
诚实边界	计算关卡全过 ≠ 药能成；选择性/降解 DC50 是湿实验；FTO 要 claim-chart

一句话：在一个「显而易见的答案都是被专利与临床包夹的 me-too」的靶点上，引擎找到并验证了一个

真正差异化的设计——换 warhead（解 IP + 解毒性）+ 换 E3（解 IP + 解膜受体降解可行性），所有可计算

的关卡都过了。

2. 未满足的需求

EGFR-C797S 废除奥希替尼的共价键，是 3 代 TKI 后的主要 on-target 耐药机制，目前无获批的精准疗法。

降解（去掉蛋白）相对抑制（堵激酶）的差异化论点：同时清除 EGFR 的激酶非依赖支架功能，理论上更

深、更持久；且对 cis-三突变这种 TKI 组合也打不动的构型，降解是 config-agnostic 的。

3. 为什么是这个设计（差异化的由来）

引擎先后否决了两个更直接的方案，才收敛到本设计：

• AUTAC（自噬降解）被否：5 位专家面板判 LOW——无三元协同选择性机制、无可用自噬标签、胞质标签

够不到膜受体的拓扑错配。

• 吉非替尼-CRBN PROTAC（me-too）被否：第二场面板判 3 NO-GO——吉非替尼 warhead 是 EGFR-降解剂

专利里最拥挤的（属专利点名 + Jin 实验室 VHL/CRBN 配对已发表），且 warhead 结合野生型 → 进口

WT-EGFR 毒性（皮肤/肠道）；临床又被 JIN-A02（4 代 TKI，已临床活性 + 清 C797S ctDNA）和

Dato-DXd（NCCN 二线首选 ADC）包夹；唯一进临床的 EGFR 降解剂 BG-60366 未出 PoC 即终止。

• 收敛结论：不是武器选错，是这个靶点上显而易见的降解剂都是被堵死的 me-too。要做真资产，

必须上全新的突变选择性可连接 warhead 或全新 E3。本设计两条轴都换。

4. 分子设计

4.1 Warhead — brigatinib 类（2,4-二氨基嘧啶 + 二甲基膦氧）

SMILES COc1cc(N2CCC(N3CCN(C)CC3)CC2)ccc1Nc1ncc(Cl)c(Nc2ccccc2P(C)(C)=O)n1（C29H39ClN7O2P，MW 584）。

三个优势：

• 绕开属专利：杀死吉非替尼路线的 ShanghaiTech 属专利 US 12,564,638 点名了

gefitinib/osimertinib/afatinib/dacomitinib/EAI045，但不含 brigatinib/萘啶——真空白。

• 机制性 WT-sparing（解毒性杀手）：brigatinib 类作为降解剂内禀突变偏好，已被先例证明——

HJM-561（brigatinib-来那度胺 PROTAC）在 DC50 5.8–9.2 nM 降解 Del19/T790M/C797S 与

L858R/T790M/C797S 三突变，同时放过野生型 EGFR。

• 可连接：甲基哌嗪-哌啶尾巴天生朝溶剂（不像别构 warhead 埋死）。

（更白空间的并行选项：BLU-945 的 2,7-萘啶，设计即 WT-sparing，但可连接性仅建模、且 binder 归 Blueprint。）

4.2 E3 — DCAF1（VprBP）

配体 OICR-8268（PDB 8F8E，编码 XJI；SMILES NC(=O)C[C@H](NC(=O)c1c[nH]nc1c2ccc(Cl)cc2F)c3ccc(F)c(Cl)c3，

SPR KD 38 nM，可连接、有晶体学定义的结合模式）。选 DCAF1 的理由：

• 唯一一个有「膜受体激酶降解」先例的新 E3（dasatinib-DCAF1 能降膜上酪氨酸激酶）——正中我们这个

膜 RTK 的痛点。

• 绕开整个 VHL/CRBN 空间 + 还能克服 CRBN/VHL 缺失耐药。

诚实标注：DCAF1 是广泛表达（无肿瘤限定 → WT-sparing 靠 warhead，而非 E3 组织限定），且 DCAF1 配体

本身有自己的 IP 群（Vincere/OICR/Nurix）。（远期王炸 MAGEA11 是肿瘤限定 E3，能同时给组织限定

WT-sparing + 干净 FTO，但配体太不成熟，是 2–4 年配体发现的活，不在本设计内。）

4.3 Linker

连接点：brigatinib 甲基哌嗪-N 端 ↔ OICR-8268 乙酰胺-N 端。烷基长度由三元几何决定（见 §5）：DCAF1

需要比 CRBN 更长的 linker（~C12–15 vs CRBN 的 ~C10），因为 DCAF1 的 WDR 口袋 + OICR-8268 出口几何

不同。诚实标注：C15 这种长柔性烷基有 developability 代价（转动键/MW/cLogP/代谢软点）——真做要刚化、

插极性原子优化。

5. 计算验证（引擎物理管线，端到端）

关卡	方法	结果	判读
Warhead 结合 C797S	MM-GBSA（OpenMM/GBn2），brigatinib 经奥希替尼模板放入真实 C797S 三突变 6LUD	−13.0 kcal/mol（有利）	咬得住，与 HJM-561 湿实验一致
可连接性	复合物内 per-atom SASA（mdtraj）	甲基哌嗪尾 50.6 Ų（高度暴露）	干净 linker 出口
三元几何	anchor-bridge（EGFR 用 brig pose 锚、DCAF1 用 8F8E OICR-8268 pose 锚），扫 linker	C15 零碰撞、4 个可及构象	三元几何可行

诚实边界：

• MM-GBSA −13 是模板化 pose（非共晶），绝对值比吉非替尼共晶 −36.6 软；符号有利、「咬得住」成立，

但不是校准的 Kd。

• 选择性（mutant-vs-WT WT-sparing）靠计算结构分不出来——突变在 ATP 口袋、不在 EGFR↔E3 界面上；

本程序三种独立方法（warhead ΔΔG +0.3 / 刚性界面 ΔΔ −0.83 / 随机精修噪声）一致指向「这是三元

动力学/协同性质，只能湿实验测」。本设计的 WT-sparing 由 warhead 内禀偏好 + HJM-561 先例支撑，

而非由计算选择性数字支撑。

• 三元几何只证明「够得着 + 无明显碰撞」，不证明三元复合体稳定 / 有正协同性 / 能有效泛素化 EGFR。

后三者是决定降解能否发生的关键，且都是湿实验终点（DC50/Dmax、proteasome-inhibitor rescue、

ubiquitination assay、DCAF1 敲低救回）。所以本设计是「几何可行的假设」，不是「会降解的结论」。

6. 差异化与 FTO（仅意识层面，需 patent key 正式清）

• Warhead 轴：brigatinib/萘啶不在 EGFR-降解剂属专利 US 12,564,638 的点名清单内 = 相对杀死吉非替尼

路线的那个专利有真空白。

• E3 轴：DCAF1 在 VHL/CRBN 之外，绕开两大 E3 组成专利估计群。
• 残留风险（必须诚实）：brigatinib 本体是武田/ARIAD 的、HJM-561（brigatinib+CRBN）已公开；OICR

DCAF1 配体有自己的 IP 群。所以我们的新颖性/FTO 必须落在「**brigatinib 类似物 + DCAF1 + 新 linker

几何」这个具体组合上，而非拥有 binder 本身。FTO 是法律问题，必须由注册专利律师做正式 claim-chart

+ 法律状态核查**，本报告只是筛查级意识，不构成 FTO 意见。

7. 竞争格局与定位

• 4 代可逆 TKI（JIN-A02 等）：已临床活性、清 C797S ctDNA、有颅内活性、口服小分子——是直接对手，

且在前面。降解剂要赢，差异化必须落在「降解 vs 抑制」对 cis-三突变与支架功能的独特价值上（临床未证）。

• Dato-DXd（ADC）：已 NCCN 二线首选、genotype-agnostic 占位。
• BG-60366（已终止的 EGFR CDAC）：负面先验——任何 EGFR 降解剂都要正视其（疑似 PK/exposure）死因。
• 本设计的定位：不主张「击败 4 代 TKI 的口服脑转移药」；现实定位是 **cis-三突变/泛-TKI 难治这个

degrader 独赢的小生态 + 锐利的 WT-sparing 主张**，或与 TKI 联用抑制异质耐药克隆。

8. 风险与诚实边界

• 选择性（WT-sparing）的人体治疗窗——计算不可判，靠 warhead 内禀偏好 + 湿实验。
• C797S 人群碎片化（cis-三突变是「零头的零头」），独立立项规模存疑——可能需联用或更宽的突变-EGFR 定位。
• CNS 暴露：双功能 PROTAC + brigatinib（P-gp 底物）→ 脑转移覆盖是已知弱点，需专门 Kp,uu 去风险。
• DCAF1：广泛表达（无组织窗）、配体 IP 群、降 EGFR 仅一篇先例。
• C15 长 linker 的 developability，需优化。
• FTO：必须 claim-chart（patent key）。

9. 最便宜的决定性湿实验 GO/KILL

合成 2–3 个 brigatinib 类–（C12/C13/C15）–OICR8268 PROTAC，在配型细胞测：

• matched C797S 三突变 vs 野生型 EGFR 细胞的降解 DC50 / Dmax；
• WT-sparing 窗口（mutant/WT 降解倍数，目标 >50–100×，对照 HJM-561）；
• pEGFR/pERK/pAKT 通路关断 + C797S 细胞活力；
• 加测：与 4 代 TKI 头对头的降解 vs 抑制持久性（洗脱后），证明降解的差异化价值；
• DCAF1 依赖性确认（DCAF1 敲低救回）。

GO：mutant DC50 <100 nM（理想 <30）· Dmax >70% · WT 降解弱（>50× 窗口）· 通路关断。

KILL：无降解 · WT 与 mutant 同样被降 · 仅细胞毒浓度才降 · DCAF1 敲低不救回（=非 DCAF1 机制）。

可外包给 CRO / 云实验室（合成 + 配型细胞 + 降解 assay），OPEX 而非自建湿实验室。

10. 附录：工具与数据来源

• 结构：EGFR-C797S 三突变 6LUD（ATP 位点配体 = 奥希替尼，模板）；DCAF1-WDR + OICR-8268 8F8E

（配体编码 XJI）。

• 物理：MM-GBSA（OpenMM/OpenFF/NAGL/GBn2，gefitinib:EGFR −36.6 校准）；三元 anchor-bridge（RDKit

MCS + Kabsch + 碰撞过滤）；Rosetta（公开源码编译，仅内部评估，不入产品）。

• 关键文献：HJM-561（Du et al, Mol Cancer Ther 2022, PMID 35499406，brigatinib-CRBN C797S 降解 + WT-sparing）；

dasatinib-DCAF1（Nat Commun 2023, s41467-023-44237-4，膜激酶降解）；OICR-8268（J Med Chem 2022,

10.1021/acs.jmedchem.2c02132）；9ea（J Med Chem 2025, PMID 40640988，VHL 基准）；US 12,564,638（属专利）。

• 引擎脚本：_vm_brig_warhead.py（warhead 结合 + SASA）、_vm_brig_dcaf1_ternary.py（三元几何）。

*本报告为计算设计阶段的差异化程序假设。所有「计算能回答」的关卡已过；潜能/选择性/安全性的决定性

证据为湿实验，FTO 为法律 claim-chart。引擎在每一处都标注了它知道与不知道的边界。*